肝窦内皮细胞是肝脏非实质细胞中数目最多的细胞，约占肝非实质细胞总数的70%，在表型、功能上与普通毛细血管内皮细胞有较大差异。肝窦内皮细胞之间缺乏细胞间连接，细胞下基底膜物质很少，因此窦内皮通透性较高，有利于调节物质交换。
不同于肝细胞的自我复制，肝再生时新生LSECs主要来自肝内外其他细胞成分的分化替代，不少研究证实了肝再生时LSECs的骨髓源性替代。内皮祖细胞是参与这一过程的主要细胞成分。
窗孔是肝窦内皮细胞最具特征性的结构，从＜10nm至1～2μm不等，生理条件下由于窗孔结构的存在和缺乏内皮下完整基膜的结构，由肝窦内皮细胞构成的肝窦壁是全身毛细血管壁中唯一缺乏基膜的毛细血管，除窦内的血细胞外，血浆成分均能从窗孔进入Disse间隙，进行物质交换。
